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La phylogénie (du grec phûlon, tribu) correspond à la succession des espèces animales ou végétales que l’on suppose descendre les unes des autres.

Plus généralement, la phylogénie est l’étude de la formation et de l’évolution des organismes vivants en vue d’établir leur parenté.

La phylogénie moléculaire est l’utilisation de la séquence des ADN ou ARN pour obtenir des informations sur l’histoire évolutive des êtres vivants et notamment sur leurs liens de parentés, leur phylogénie. Le produit d’une analyse de phylogénie moléculaire est un arbre phylogénétique. La proximité des branches de cet arbre représente le degré de parenté entre les organismes étudiés.