Recherche

Accueil du site || Maladie et impacts || Diagnostic de laboratoire || Interprétation des analyses virologiques
L’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) a été saisie le 10 août 2009 par la Direction générale de l’alimentation (DGAl) sur l’interprétation des résultats des analyses virologiques (tests d’amplification génomique, RT-PCR) relatives à la fièvre catarrhale ovine. Sont notamment abordés les cas où l’intensité de la réponse des tests d’amplification génomique est faible (CT élevés) et ceux pour lesquels le typage des souches virales se révèle négatif.

En France, dans un contexte de vaccination généralisée, le diagnostic de la fièvre catarrhale repose pour l’essentiel sur des outils d’amplification génomique (RT-PCR).

Relation entre résultats des tests PCR et virémie

Virémie et positivité du test PCR sont deux notions distinctes .

- En cas d’infection par la fièvre catarrhale, chez les bovins non vaccinés, la virémie dépasse rarement 60 jours post-infection. C’est la période au cours de laquelle les vecteurs peuvent s’infecter au contact de l’animal et c’est aussi la phase pendant laquelle l’isolement viral est possible.

Les tests PCR, compte tenu de leur excellente spécificité (99,9%), permettent, en cas de positivité, de conclure à l’infection très probable, présente ou passée, de l’animal prélevé.
Ils peuvent donner des résultats positifs de quelques heures à quelques jours après la piqûre infectante jusqu’à 220 jours post-infection pour les bovins (moins pour les ovins).

L’intensité de la réponse du test d’amplification génomique (ou CT pour « cycle threshold » ou seuil de cycles) est indicatrice des quantités de génome viral présentes dans le prélèvement (valeurs du CT inversement proportionnelles à la quantité d’ARN amplifié). Elle évolue au cours du développement de l’infection :

  • CT élevé dans les heures ou jours suivant l’infection de l’animal ;
  • diminution rapide du CT associée à une phase de virémie ;
  • augmentation progressive du CT au fur et à mesure de la décroissance de la charge virale et jusqu’à négativation des tests :
    • CT > 35 : pas d’isolement possible de virus ;
    • CT>40 : animal considéré comme non infecté

Un nombre faible de copies (valeur du CT élevée) caractérise par conséquent une infection soit très récente, soit au contraire ancienne.

- Chez les animaux correctement vaccinés puis infectés, la valeur du CT n’est généralement pas mesurable : la charge virale est nulle ou trop faible pour être détectable.

Interprétation des résultats de RT-PCR

L’avis de l’AFSSA du 8 septembre 2009 complète celui du 3 juillet 2009 repris dans la note de service DGAL/SDSPA/N2009-8195 et précise les limites d’interprétation des tests en cas de CT élevé.

CT inférieur à 28 :

  • Infection récente ;
  • Identification du type de BTV généralement possible ;
  • Animal considéré comme dangereux [1] ;
  • Foyer actif

CT compris entre 28 et 35 :

L’isolement du virus doit être tenté et, dans l’attente des résultats, des mesures de police sanitaire mises en place.

  • Isolement positif : Animal considéré comme dangereux et foyer actif ;
  • Isolement négatif : Infection ancienne et foyer résolu sous réserve de l’absence d’autres animaux infectés dans le cheptel.

CT compris entre 35 et 40 :

L’hypothèse d’une infection ancienne est la plus probable : foyer résolu sous réserve qu’aucun animal infecté de FCO et « dangereux » ne soit présent dans l’exploitation.

Conduite à tenir pour préciser le statut de l’animal et du troupeau dont il est issu en cas de CT compris entre 28 et 40 :

  • Statut de l’animal

Réalisation de nouvelles analyses (PCR et isolement viral éventuel) dans un délai de 15 jours maximum.

    • Diminution significative du CT d’au moins trois points :
      Animal infecté et "dangereux" ; Foyer actif.
    • Diminution du CT inférieure à 3 points ou absence de diminution :
      Animal "non dangereux" (anciennement infecté ou faux positif au cours de la première analyse) ; Foyer probablement résolu (sous réserve des résultats des autres animaux du cheptel).
  • Statut du troupeau

Mise en oeuvre d’investigations complémentaires sur tout ou partie du troupeau : examens cliniques, analyses virologiques sur des prélèvements issus d’autres animaux de l’élevage, etc.

Interprétation de résultats de typage négatifs

Le typage par RT-PCR en temps réel impose d’avoir suffisamment de matériel génétique :

CT > 30 : typage quelquefois réalisable
CT > 35 : typage généralement impossible

Compte-tenu de la surveillance actuelle en France, un résultat de CT de RT-PCR de groupe supérieur à 35 associé à un typage négatif est très probablement le fait d’une infection ancienne par un sérotype déjà présent sur le territoire (BTV-1 et BTV-8 sur le continent).
Ces animaux anciennement infectés ne sont pas à considérer comme « dangereux ».

Une infection par un sérotype exotique sauvage provoquerait en effet a priori une infection décelable sur plusieurs animaux et caractérisée par des CT faibles donc autorisant un typage.

Moyens à mettre en oeuvre afin de déterminer l’origine de l’infection

La détermination de l’origine d’une infection est souvent délicate.
Selon le groupe d’expertise de l’AFSSA, l’enquête épidémiologique à mettre en œuvre dans les cas de suspicion ou de confirmation, telle que prévue dans la réglementation actuellement en vigueur, apparaît suffisante dans le contexte actuel.

notes:

[1] Le qualificatif « dangereux » est à comprendre au sens épidémiologique du terme : il s’applique à un ruminant susceptible d’infecter les vecteurs hématophages et d’être ainsi à l’origine de la contamination d’autres animaux des espèces réceptives.

Pièces jointes